San Giovanni nacque alla fine dell'ottavo secolo. In giovane età divenne discepolo di san Gregorio Decapolita, ricevette la tonsura monastica e, grazie ai suoi insegnamenti, raggiunse una grande perfezione spirituale.
Quando l'imperatore Leone l'Armeno (813-820) riprese le persecuzioni iconoclaste, san Gregorio Decapolita, san Giuseppe l'Innografo e san Giovanni andarono a Costantinopoli per opporsi all'eresia iconoclasta e, nonostante le persecuzioni, i Santi per diversi anni riuscirono a predicare la venerazione delle sacre Iconi. Alla morte di San Gregorio Decapolita (820), San Giovanni si ritirò nella laura di San Chariton per dedicarsi alla pratica delle virtù, fino a quando, attorno all'850, rese santamente la sua anima a Dio.