Della memoria di san Pafnuzio è giunto a noi molto poco, alcune fonti lo indicano come vescovo in Egitto, ma è certo che abbia subito il martirio sotto l'imperatore Diocleziano intorno agli inizi del quarto secolo. Sembra che abbia partecipato al Concilio di Nicea, dove avrebbe lottato strenuamente contro l'eresia ariana.